Huy Tuấn là một người kín đáo, ít khi chia sẻ chuyện riêng tư nên cuộc sống của anh vẫn luôn là một câu chuyện bỏ ngỏ của công chúng và báo chí. Nhất là từ sau sự đổ vỡ của cuộc hôn nhân đầu, anh chỉ chuyên tâm vào âm nhạc cùng các dự án liên quan, và rất kiệm lợi nói về những chuyện bên lề. Năm 1999, Huy Tuấn kết hôn với người vợ đầu tiên rồi chia tay sau 10 năm chung sống, hai người có với nhau một cô con gái. Năm 2011, anh gặp gỡ và có tình cảm với một người phụ nữ gốc Bắc không hoạt động trong lĩnh vực nghệ thuật. Họ sau đó kết hôn và cùng chuyển vào thành phố Hồ Chí Minh sinh sống. Hiện tại, anh đang sống cùng vợ và hai con trai ở khu vực phía Nam thành phố Hồ Chí Minh.